実験してみたが、ダメだった。メインのファイルをutf-8で編集し、「なんとか.tex」というファイルを読み込もうと \input なんとか.tex としても、
ファイルが見つからないというエラーメッセージ。ううむ。
以前読んだことがあるが、日本語TeX (ASCII pTeX) では、内部的にはJISコードで処理しているとか何とか、とにかく、何らかの処理をしていたような気がする。もしそうであれば、Ubuntu側はutf-8でファイル名を管理しているのだから、無理というものだ。TeXの内部処理に手を付けて、\input など外部ファイルを読み込むルーチンを書き換える必要がある。それはワタシの手に余るなあ。
Mac OS X 10.3.9 までの井上版pTeXでは、そういう処理が施されているのだろうと想像。今のところ UNIXベースの日本語TeXシステムで日本語ファイル名が普通に使えるものを他に知らない。みんなファイル名だけはアルファベットで表記しているのだろうが、不便じゃないのかなあ。